Die Eltern der missbrauchten Kinder, zumeist Bauern aus der Umgegend der "Colonia Dignidad", hatten Schäfer 1996 angezeigt. Schäfer war daraufhin untergetaucht; nach achtjähriger Flucht wurde er im März 2005 in Argentinien festgenommen und an Chile ausgeliefert.

Der frühere Wehrmachtsgefreite Schäfer hatte mit 300 Anhängern Anfang der 1960er Jahre die  "Colonia Dignidad" rund 350 Kilometer südlich von Santiago in der Nähe der Stadt Parral gegründet. Während der Militärdiktatur von Augusto Pinochet (1973-1990) wurden nach Zeugenaussagen politische Gefangene auf das weiträumige Gelände der Deutschen-Kolonie verschleppt und dort zu Tode gefoltert.